В BSP от Freescale есть исходники этой программы, которая переключает функцию порта. Можно там посмотреть как это делается на лету, без перезагрузки.
Исходники приложил к сообщению.
В режиме USB_Serial_Class порт используется ActiveSync`ом. VID и PID, прописанные на Тионе, соответствуют устройству "Microsoft USB Sync", и используется драйвер WCEUSBSH.SYS на ПК. Чтобы его можно было использовать как COM-порт, нужно отключить на ПК ActiveSync, и обращаться к порту командой CreateFile("\\\\.\\wceusbsh001",...) .
Чтобы использовать виртуальный СОМ-порт, необходимо ассоциировать Тион с драйвером usbser.sys (для WinXP) через VID и PID. Приложил к письму inf-файл для этого, а также пример использования порта в режиме CDC. VID и PID в этом inf-файле и реестре Тиона должны быть одинаковые.