Я так понимаю, что directfb перед запуском проверяет все видеорежимы описанные в /etc/fb.modes, поскольку был взят файл fb.modes по умолчанию - там есть режимы которые ep93xxfb не поддерживает, о чем и сообщает всему миру :) Но те которые поддерживаются проходят без сообщений... Я считаю, что это нормально - и не стал редактировать fb.modes, хотя для "боевой" системы лучше оставить всего один режим в fb.modes - тот в котором работаем - быстрее грузиться будет