На какой плате? В какой момент. В какой версии U-Boot.
Я записывал файлы по 64MB (при 128MB RAM)
В вашем случае, если вы не затираете загрузчик в RAM, и действительно есть такая проблема, можно разделить файл (лучше под размер сектора, dd) и записать его двумя частями.
