Добрый день.
На данный момент Watchdog в WinCE используется в механизме перезагрузки через вызов IOCTL_HAL_REBOOT, тоесть при вызове данного IoControl запускается Watchdog, но счетчик не обнуляется, что вызывает перезагрузку системы.
Если Вы хотите использовать watchdog для предотвращения зависания программ, то нужно писать драйвер, или вносить изменения в BSP образа.