Спасибо большое за помощь, программа заработала!
Возникли еще 2 вопроса :)
1. За что отвечают ключи -Wall и -02 в строке arm-linux-gcc -Wall -02 -o serial serial-pair.c ?
2. В программе serial-pair.c обращение происходит к порту /dev/ttyS0, в Тионе-про файла устройства ttyS0 нет, есть tty0, значит чтобы принимать байты с 0-го и 1-го последовательных портов надо обращаться к файлам устройств tty0 и tty1?